Sự bùng phát dịch bệnh ở động vật hoang dã đôi khi được kiểm soát bằng cách giết chết những cá thể bị nhiễm bệnh để ngăn chặn sự lây truyền sang những động vật quan trọng trong hộ gia đình và những vật nuôi, đối tượng nuôi có giá trị kinh tế[7][8]. Đây là cách thức cô lập các cá thể bị nhiễm bệnh để tiêu diệt mầm bệnh hầu dập dịch bệnh, biện pháp này được sử dụng rộng rãi trong những lần xuất hiện các ổ dịch vật nuôi trên diện rộng và đã có những hiệu quả rõ ràng, nhưng những người ủng hộ quyền động vật phản đối việc tiêu hủy động vật, vì họ coi các cá thể động vật hoang dã là có giá trị bản chất phổ quát và tin rằng chúng có quyền được sống[9].

Sự đau khổ ở động vật hoang dã, do hậu quả của dịch bệnh cũng đã được một số tác giả chú ý đến[10], những người cho rằng chúng ta nên giảm bớt hình thức đau khổ này thông qua các chương trình tiêm chủng[11][12]. Các chương trình như vậy cũng được coi là có lợi trong việc giảm sự phơi nhiễm của con người và vật nuôi trong nhà với bệnh tật và bảo tồn các loài[13]. Thuốc chủng ngừa bệnh dại bằng liều uống đã được sử dụng thành công ở nhiều quốc gia để kiểm soát sự lây lan của bệnh dại trong các quần thể động vật hoang dã và giảm phơi nhiễm cho con người[14]. Các nước như Úc, Anh, Tây Ban Nha và New Zealand đều đã tiến hành các chương trình tiêm chủng thành công để ngăn ngừa bệnh lao bò, bằng cách tiêm phòng cho lửng, thú có túi và lợn rừng[15]. Để đối phó với đại dịch COVID-19, người ta đã đề xuất rằng, trong tương lai, động vật hoang dã có thể được tiêm vắc-xin coronavirus để giảm bớt sự đau khổ cho những động vật bị ảnh hưởng, ngăn ngừa lây truyền dịch bệnh[16].